Die Orgel der ehemaligen Benediktinerabtei, 1740 bis 1745 von den Gebrüdern Riepp aus Ottobeuren (Schwaben) gebaut, war das grösse Instrument Frankreichs ausserhalb Paris, zudem mit einem 32' im Hauptwerk ausgestattet. Karl-Joseph Riepp baute sie im französischen Stil ; wir verdanken ihm auch die Orgel in Dole und die Orgel in der Klosterkirche zu Ottobeuren, in denen er später eine Synthese von französischem und deutschem Baustil verwirklichte.
1787 erneuert Jean Richard aus Troyes das Instrument : Erweiterung des Manualurnfangs von 51 auf 54 Tasten ; die Windladen werden verändert, das Plein jeu erhält zwei zusätzliche Chöre und die Zungenstimmen werden erneuert.
Nach den Restaurierungen unter Daublaine-Callinet (1846 -48) und Joseph Merklin (1860) behält die Orgel einen Grossteil ihres Pfeifenmaterials, obwohl die Terzregister zugunsten weiterer Grundstimmen verschwanden und der 32' nur noch im Pedal spielbar war.
Erst im Jahre 1953 wird die Orgel im Rahmen eines grossen Umbaus, unter der Aufsicht der Kommission der Denkmalorgeln (Félix Raugel), ausgeführt von der Firma Roethinger, mit einer elektropneumatischen Traktur versehen, die Register auf drei Manualen und Pedal neu geordnet und in neoklassischem Stil intoniert (Robert Boisseau).
Bei der Restaurierung von 1987 -1996 durch Gerhard Schmid (Kaufbeuren/Schwaben) wurde die Orgel in das alte restaurierte Gehäuse neu eingebaut, wieder auf vier Manuale und Pedal verteilt, entsprechend der Aufteilung am Ende des 18. Jahrhunderts. In einem Schwellwerk, das sich hinter dem Hauptgehäuse befindet, wurden die Register des 19. Jahrhunderts und die von Roethinger zusammengefasst: Das Instrument, das nun seinen 32' wieder im Manual hat, zählt 73 Register und hat mechanische Spiel und Registertraktur. Letztere ist zudem auf elektrischem Weg an eine elektronische Setzeranlage angeschlossen.